访学情况汇报（第6个月）-廖勇 

由于疫苗的接种，美国疫情有所控制。本月我去接种疫苗第一剂。其他数据都分析结束，但这些数据都是小鼠或者细胞水平，这些结果是否在人类上具有同样的调控机制，TCGA作为人类肿瘤平台，收集了大量的肿瘤数据，由于权限限制，我只能获得TCGA的三级数据。因此分析TCGA数据库内的某个突变基因可能涉及的信号通路。

现在将这月的主要工作情况总结如下：

一、学习方面

主要学习TCGA数据的下载及分析过程。

（一）阅读文献

主要阅读关于分析TGCA数据分析的文献，及分析流程。

（二）数据处理

由于TCGA数据涉及的数据比较多，我主要集中在RNA表达，及DNA突变，甲基化和histone modification等数据分析。首先通过COSMIC鉴定课题相关基因的突变，尤其是缺失突变和基因扩增的样品，获得样品号，然后到TCGA数据库中下载相应的数据。然后在R语言环境中分析数据。这样可以有机将体外的数据与体内的数据结合，可以更加清晰阐释相关基因的功能。

在分析过程中，自己需要编辑程序，比较花费时间。

期待疫情能够早点结束！