访学情况汇报（第5个月）-廖勇 

疫情持续，但是疫苗开始接种，等待打疫苗。这个月主要学习和分析ATAC-seq数据的分析。

现在将这月的主要工作情况总结如下：

一、学习方面

主要学习ATAC-seq的基本知识和分析过程， 发现分析方法与ChIP-seq的分析方法相似。

（一）阅读文献

主要阅读关于分析ATAC-seq的文献，包括分析方法和分析结果的解释以及其他有在基因调控中的作用，同时阅读分析基因的相关文献，思考所分析的结果的整合。同时也学习下游分析的方法，如GSAE，ssGSEA的分析原理和方法。

（二）数据处理

由于分析方法与ChIP-seq 的分析方法相似，前面的分析步骤也类同，从GEO库中找与课题相关的基因所涉及的ATAC-seq数据，从ENA数据库中下载原始测序数据。主要使用基于Unix系统上的命令分析方法和基于R语言基础上的R软件包的方法比较。分析过程首先从ENA数据库中下载测序原始数据，然后比对参考基因组，比对完成后，统计peak及下游的分析。通过从原始测序数据分析开始到ATAC-seq功能整个过程分析，掌握了分析ATAC-seq数据的方法，同时也获得分析结果，但是怎样与其他数据整合需要进一步学习和操作。