疫情持续,上月在分析WGBS花费太多时间。继续学习和分析ChIP-seq数据分析。
现在将这月的主要工作情况总结如下:
一、学习方面
主要学习ChIP-seq的基本知识和分析过程。
(一)阅读文献
主要阅读关于分析ChIP-seq的文献,包括分析方法和分析结果的解释以及其他有在基因调控中的作用。
(二)数据处理
从GEO库中找与课题相关的基因所涉及的ChIP-seq数据,从ENA数据库中下载原始测序数据,主要分析H3K27ac, H3K4me1,H3K4me3免疫沉淀的数据。分析过程首先从ENA数据库中下载测序原始数据,然后比对参考基因组,比对完成后,统计peak及下游的分析。通过从原始测序数据分析开始到ChIP-seq功能整个过程分析,掌握了分析ChIP-seq数据的方法,同时也获得分析结果,但是怎样与其他数据整合需要进一步学习和操作。
等待疫情结束,可以尽快到实验室做实验。